1. évad
Felemelkedés 1.
Írta: Brad Wright; Robert C. Cooper
Rendezte: Martin Wood
Az antarktiszi bázis kutatásai lehetõséget adnak, hogy egy csapat eljusson Atlantiszra, az õsök városába, az út azonban a hatalmas energiaszükséglet miatt egyirányú lesz. Ennek ellenére egy lelkes csapat elindul és meg is találja a várost, ami jelenleg a pusztulás szélén áll.
Felemelkedés 2.
Írta: Brad Wright; Robert C. Cooper
Rendezte: Martin Wood
Sheppard õrnagy vezetésével útnak indul egy csapat, hogy kiszabadítsák foglyul ejtett társaikat, ám a mentõakció nem olyanra sikerül, ahogy azt eredetileg képzelték és egy veszélyes ellenséget is szereznek maguknak..
Bújócska
Írta: Brad Wright; Robert C. Cooper
Rendezte: David Warry-Smith
McKay meggondolatlansága miatt életveszélybe kerül egy õs szerkezet miatt. Eközben a városban különös dolgok történnek, az energia elmegy és visszajön, egy athosi gyerek eltûnik.
38 perc
Írta: Brad Wright
Rendezte: Mario Azzopardi
Sheppard õrnagyra egy különös idegen létforma tapad rá, miközben menekülnek a lidércek elõl. Ráadásul az úgró félig bennragad a csillagkapuban és csak 38 percük marad, hogy megoldják a problémát, különben vákumba kerülnek.
Gyanú
Írta: Kerry Glover; Joseph Mallozzi; Paul Mullie
Rendezte: Mario Azzopardi
A csapat szinte minden küldetésen lidércekbe botlik, gyakran még lakatlan bolygókon is. Ez pedig csak egy dolgot jelenthet. Kém van Atlantiszon.
A gyermekkor vége
Írta: Martin Gero
Rendezte: David Winning
A csapat lezuhan egy bolygón, melynek lakói úgy tartják, hogy rituális öngyilkosságaik távol tartják a lidérceket..
Megmérgezett kút
Írta: Damian Kindler; Mary Kaiser
Rendezte: Brad Turner
Sheppard és csapata olyan bolygóra látogatnak, melynek lakói közel járnak egy szérum kifejlesztésében, mely immunissá teheti õket a lidércekre.
A felszín alatt
Írta: Peter DeLuiseRendezte: Brad Turner
Az energiahiány mellet még az élelem is fogyóban van, ezért a csapat megpróbál kereskedni az egyik bolygó lakóival, akikrõl kiderül, hogy hátsó szándékaik vannak..
Hazatérés
Írta: Joseph Mallozzi; Paul Mullie
Rendezte: Holly Dale
Az egyik bolygón olyan kaput találnak, melynek energiája elég nagy ahhoz, hogy kaput nyissanak a Földre.
A vihar
Írta: Jill Blotelvogel; Martin Gero
Rendezte: Martin Wood
Egy óriási vihar közeledik Atlantisz felé, ezért a várost evakuálják, ami remek alkalmat ad a Geniinak, hogy elfoglalják a várost.
A szem
Írta: Martin Gero
Rendezte: Martin Wood
Sheppard és a többiek megpróbálják visszafoglalni és megmenteni a várost.
A dacos
Írta: Peter DeLuise
Rendezte: Peter DeLuise
A csapat egy lezuhant lidérc hajót vizsgál, melynek azonban túlélõje is van.
Veszélyes zóna
Írta: Martin Gero
Rendezte: Mario Azzopardi
Atlantisz további felderítése során váratlanul emberek halnak meg. A csapat valamiféle vírusra gyanakszik.
Menedék
Írta: Alan Brennert
Rendezte: James Head
Egy remek evakuációs helyet talál a csapat, ahol még senki sem hallott a lidercekrõl, azonban a fõpapnõ nem engedi nekik, hogy ide jöjjenek.
Mielõtt elaludnék
Írta: Carl Binder; Robert C. Cooper; Brad Wright
Rendezte: Andy Mikita
A további felderítések során egy sztáziskamrát találnak benne egy még elõ nõvel, aki meglepõ dolgokat mesél a csapatnak.
A testvériség
Írta: Martin Gero
Rendezte: Martin Wood
A csapat egy ZPM után kutat az egyik bolygón, azonban a Genii kémei észreveszik õket.
Levelek a Pegazusból
Írta: Carl Binder
Rendezte: Mario Azzopardi
McKay rájön, hogyan tudnának üzenni a Földnek, miközben Sheppard és Teyla közelebbrõl is megvizsgálja a közeledõ flottát.
A képesség
Írta: Robert C. Cooper; Martin Gero
Rendezte: Peter DeLuise
Teyla nem tud aludni, rémálmai vannak. Kiderül, hogy a képessége, amivel a liderceket érzékeli sokkal összetetteb és erõsebb, mint azt gondolta volna.
Az ostrom 1.
Írta: Martin Gero
Rendezte: Martin Wood
McKay-ék megpróbálják megjavítani az õs mûholdat, hogy még Atlantisz elõtt harcba szállhassanak a lidércekkel. Eközben Sheppard és csapata új evakuációs bolygót keres.
Az ostrom 2.
Írta: Joseph Mallozzi; Paul Mullie
Rendezte: Martin Wood
Egy katonai csapatot küldenek a Földrõl Atlantisra azzal az utasítással, hogy vegyék át a parancsnokságot Dr. Weirtõl és védjék meg a várost a lidérc támadástól.