2008 júliusában mutatták be a Scifi csatornán.

Az új évad történetének alakulásáról Mallozzi a következõket írta:
- elképzelhetõ, hogy a 4x20 'The Last Man'-ben látott borús jövoképbõl néhány esemény valóban bekövetkezik (egyrõl tudunk eddig: Richard Woolsey átveszi az expedíció irányítását)
- az új évadban jelenleg Sheppard, Ronon és McKay töltik a legtöbb idot kórházi ágyakban
- Carter ezredes szerepelni fog az évad második felében is
- az expedíció szövetségese, a lidérc Todd egyelore 3 epizódban fog szerepelni, és megtudjuk, hogy felel-e valamelyik lidérc királynõnek, vagy csak saját magának dolgozik
- az 5x06 'The Shrine of Talus' egy megható McKay-epizód lesz, Jewel Staite (Dr. Jennifer Keller) állítólag sírva fakadt a forgatókönyv olvasása közben. Az epizódban egyébként vendégszerepelni fog McKay húga, Jeannie Miller is.
- ahogy ezt ki lehetett találni, az 5x09 'The Queen'-ben lidérc királynõ fog szerepelni, és Teyla karaktere érdekes útra kerül
- az elso kilenc epizódban nem lesznek utalások az új ellenséges fajra, akik az évadközepi duplarészben debütálnak (Dr. Daniel Jackson vendégszereplésével együtt)
- az 5x?? 'Inquisition' részben klipshow lesz, valamint feltehetoen a korábban már emlegetett tárgyalás-epizód (a cím alapján az SG-1-ból elveszett 'Judgement Day'-epizód újragondolása lesz, amelyben az Aschen faj felelosségre vonta volna a Földet egy Asgard bíróság elõtt)
- az 5x16 egy nagyon különleges Atlantisz-epizód lesz, azonban nem várhatunk crossovereket a CSK-1 tagjaitól
- a 100. epizódot (amely egyben évadzáró is lesz) Paul Mullie fogja írni (korábbi munkái pl. a 3x02 'Misbegotten', 4x05 'Travelers')

5x01- Search and Rescue
Í ró: Martin Gero
Rendezo: Andy Mikita
Miután a Teylát keresõ csapat Michael bolygóján rekedt, Carter ezredes, Dr. Keller és Alicia Vega százados a megmentésükre indulnak, miközben Michael az ûrbõl továbbra is figyeli az eseményeket.

5x02 -The Seed
Í ró: Paul Mullie
Rendezo: William Waring
Miután Teyla megszülte a gyermekét, az expedíció tagjainak figyelme új parancsnokuk felé fordul, akinek szokatlan vezetési módszerei enyhe elégedetlenséget szülnek Atlantiszon.

5x03 -Broken Ties
Í ró: Joseph Mallozzi
Rendezo: Kenneth J. Girotti
Ronont foglyul ejtik a lidércek, hogy megtérítsék õt a hívõjüknek, és Sheppard alezredesék csupán az áruló Tyre segítségére számíthatnak, ha meg akarják menteni barátjuk testét és lelkét.

5x04 -The Daedalus Variations
Í ró: Alan McCullough
Rendezo: Andy Mikita
Sheppard csapata megtalálja az ûrben sodrodó, elhagyatott Daedalus-t. A hajónapló utolsó bejegyzése egy bizonyos "Sobol" ezredestõl származik, akirõl azonban korábban senki sem hallott.

5x05 -Ghost in the Machine
Í ró: Carl Binder
Rendezo: Kenneth J. Girotti
A Replikátorok rájönnek a felemelkedés titkára.

5x06- The Shrine
Í ró: Brad Wright
Rendezo: Andy Mikita
McKay viselkedése drámaian megváltozik, amelynek valós hátterérol túl késon kezdenek el társai tanakodni,.

5x07 -Whispers
Í ró: Joseph Mallozzi
Rendezo: William Waring
Sheppard, Beckett, és Vega csapata egy bolygón megtalálják Michael egyik kísérleti laborját, ahol az Iratus bogarak és emberek keresztezését végezte.

5x08 -The Queen
Í ró: Alan McCullough
A Todd nevu Lidérc le szeretne bonyolítani egy tárgyalást egy másik lidérc kaptárhajóval, ezért Teylát Lidérc királynové alakítják.

5x09 -Tracker
Í ró: Carl Binder
McKay, Keller és Ronon egy másik Lidércek által sportból vadászott Üldözött férfival találkozik.

5x10 -First Contact (1. rész)
Í ró: Martin Gero
Dr. Daniel Jackson Atlantiszra megy, hogy az Osök közé tartozó Janus munkáit tanulmányozza.

5x11 -The Lost Tribe (2. rész)
Í ró: Martin Gero
Todd az elrabolt Apolló nevu hajóval Janus bázisa felé tart, ahol Jackson és McKay szokatlan vendéglátója készül végleg leszámolni a Lidércekkel. Sheppard és Zelenka az Utazók segítségével próbálják megmenteni barátaikat.

5x12 -Inquisition
Í ró: Alex Levine

Sheppard csapatát felelosségre akarja vonni a Pegazus-galaxis ellen elkövetett buneiért egy ember népekbol álló szövetség.

5x13 -Outsiders
Í ró: Alan McCullough

Az expedíció által áttelepített, Lidércekre immunis Balaran nevu nép túléloknek új otthonukból is távozniuk kell, amikor azok ellenük fordulnak a Lidércek zsarolása után.

5x14 -Prodigal ("First Day", "Red Shirt Diaries")
Í ró: Alan McCullough

Michael a teremtényeivel megszállja Atlantiszt, hogy végre felhasználhassa Teyla gyermekét a kísérleteihez, azonban nem akar megállni a rablótámadásnál, ezért eldönti, hogy kiteljesíti bosszúját és felrobbantja a várost.

5x15 -Remmants
Í ró: Joseph Malozzi

Miközben Sheppard-öt foglyul ejti egy régi ellensége és Woolsey összebarátkozik az expedíció egy új, rejtélyes tagjával, McKay és Zelenka felfedezik Atlantisz új bolygójának oslakóit, valamint, hogy mire van szükségük az életben maradáshoz.

5x16 -Brain storm

A Földön Dr. McKay-t egyik tudós riválisa meghívja egy úttöro találmányának tesztelésére, és McKay úgy dönt, hogy Kellert viszi magával az estélyre. Végül azonban csak McKay tudása segíthet megelozni egy totális katasztrófát.

5x17-Infection

Sheppard és Lorne csapata átvizsgálnak egy elhagyatott lidérc kaptárat, amely Atlantisz közelében bukkant elo a hipertérbol. Miközben McKay és Keller próbálnak rájönni a kaptár titkára, kiderül, hogy a hajó nem is olyan élettelen, mint azt eloször hitték.

5x18-Identity

Egy Neeva nevu bunözo egy Os szerkezetet használ fel arra, hogy testet cserélhessen Dr. Kellerrel, így a tolvajno Atlantiszon, Keller pedig az o bunözo társai mellett ébred, akiket üldöznek a helyi település lakói.

5x19 -Vegas
Í ró: Robert C. Cooper
Rendezo: Robert C. Cooper
Felfedeznek egy holttestet, és Sheppard kapja a nyomozás feladatát.

5x20 -Enemy at the gate
Í ró: Paul Mullie