Herpay Ágnes 1959. augusztus 2-án született Sopronban. Tanulmányait a soproni Állami zeneiskolában kezdte zongora szakon, majd 1975-től a Győri Zeneművészeti Szakközépiskolában fagott szakon folytatta. 1978-tól a Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola Győri Tagozatának Népköztársasági Ösztöndíjas hallgatója fagott és szolfézs szakon (208/81). Nagy hatással volt rá már a zeneiskolás-, és főiskolás tanulóévei alatt a kóruséneklés (Kovács Sándor és Szabó Miklós karnagyok vezetésével), ugyanakkor a kamarazene és zenekari játék is (Soproni Szimfonikus Zenekar, a Győri Színház Operazenekara, Győri Szimfonikus Zenekar). Fagott-tanárai: Maros Ernő, Nagy András fagottművész, az Állami Operaház első fagottosa, Ngnyen Puch Linh a Zeneakadémia vietnami hallgatója, Vizsolyi Lívia fagottművész, jelenleg a Szegedi Konzervatórium tanára, és Keszler György, az Állami operaház első fagottosa.

Döntő változást életében sikeres zeneakadémiai felvételije hozta 1981-ben. Zenei kiteljesedését, gondolkodásának megváltozását főleg ezen intézmény tanárai tették lehetővé. A teljesség igénye nélkül: Janota Gábor fagottművész, Kurtág György zeneszerző, Czidra László barokk furulya művész, Simon Albert karmester, Kroó György Zenetudós, Botvay Károly gordonkaművész, Láng István zeneszerző. Diplomáját jeles eredménnyel szerezte meg (25/1984). Nyáron hallgatója volt a bajai Pro Musica Nemzetközi Nyári Akadémia tábornak, ahol ifjú Hara László tanította. 1984 őszén sikerrel részt vett a müncheni Nemzetközi Fagott versenyen.

Azóta a Pécsi Szimfonikus Zenekar, új nevén Pannon Filharmonikusok első fagottosa, szólamvezetője. Az együttes egyik meghatározó egyénisége nemcsak művészileg, hanem az együttest összefogó kohéziós személyiségként is. Tagja a zenekar grémiumának: a többször került be a titkos választással szavazott Művészeti Tanácsba, valamint a Magyar Zeneművészek és Táncművészek Szakszervezete elnökségi tagja és helyi titkára is volt.

Zenekari munkája mellett évenként ad szólóestet a pécsi Művészetek és Irodalom Házában, fellépett a Pécsi Szimfonikus Zenekarral Mozart, Weber és Vivaldi több fagott versenyének szólistájaként, többször közreműködött Mozart és Haydn Sinfonia Concertante darabjaiban, szólóestje volt a Tavaszi Fesztivál keretén belül Sopronban és Kaposváron, egyenes adásban játszotta az MR3-Bartók Rádióban Weber fagott versenyét (2003. ápr. 1.), valamint Francaix Divertissement című darabját (2004). 2007-ben Sztravinszkij: A katona története c. darabjának előadójaként volt hallható a Művészetek Palotájában. Bővebben lásd itt.

A kamarazene területén a fúvósötössel lépett fel a legtöbbet. Művészeti vezetője volt a pécsi Barbakán Fúvósötösnek, ill. tagja volt a Pécsi Fúvósötösnek is. Emellett különböző oktettek és vegyes összeállítású kamaraművek is szerepeltek már műsorán.

Más zenekarok munkájában is részt vett (pl. a Weiner-Szász Kamarazenekar). Egy vendégszereplés nyitotta meg számára a historikus hangszerekkel való megismerkedés lehetőségét, az előadásmód régi-új területeit is a Vashegyi György vezette Orfeo zenekarban, ahol több alkalommal klasszikus korabeli historikus fagotton játszott. Emellett a kortárs fagott darabok rendszeres előadója is: különösen fontos számára a XX-XXI. századi magyar zene propagálása, előadása, ezért minden hangversenyén legalább egy kortárs darabot eljátszik, néhány ősbemutató és sok naprakész (második) előadás fűzödik a nevéhez.

Az oktatás területén a rövid ideig alsó fokon általános, minden fafúvós hangszert tanító tanárként gyűjtött tapasztalatok után 1987-től a Pécsi Művészeti Szakközépiskola tanára. Eddigi összes növendéke felvételt nyert valamelyik Zeneművészeti Főiskolára, egyetemi diplomát pedig egyenesen, vagy áttételesen növendékeinek nagyrésze szerzett. Az országos szakközépiskolai versenyekre mindig készített fel növendéket, közülük kettő hozta el a második díjat. 1995-96-ban. 1999 óta tanít a Pécsi Tudományegyetem Művészeti Karának a Zeneművészeti Intézetben is, ahol 2007 óta tanszékvezető. Tanít a bajai/besztercebányai Pro Musica Nemzetközi Nyári Akadémián is.

Rendszeresen részt vesz előadásaival a zeneiskolai tanárok országos továbbképzésében az Országos Pedagógiai Intézet meghívására (jelenleg Metronom Kht). A Kulturális Minisztérium felkérésére kidolgozta a Nemzeti Alaptanterv alapfokú fagott-oktatására vonatkozó részét. 1994-ben adták ki Szeretek Fagottozni címmel a 9-10 évesek számára írt gyakorlatkötetét, amely azóta az alsó fokú fagott-oktatás egyik kedvelt iskolája lett.

2004. október 24-én vette át Mesterdoktori (DLA) oklevelét. Értekezésének témája a tiszta intonáció a fagottjáték- és oktatás aspektusából. Ezt a fokozatot elsőként Herpay Ágnes szerezte meg, és jelenleg is az egyetlen, aki nem Állami Díj elismeréseként (Pl. Liszt Díj) érte el a DLA fokozatot Magyarországon.

2006. májusában a Pannon Filharmonikusok tagjai titkos szavazással az „Év zenekari művésze” díjjal tüntették ki.