Ják nembeli Márton ispán alapította a XIII. század 10-es éveiben a kolostort és a templomot, melyet a tatárdúlás után, 1256-ra fejeztek be. Omode püspök szentelte fel ekkor a háromhajós épületet. A török támadások alatt a kolostor elnéptelenedett, Majdnem száz évvel késobb kezdtek újra gondoskodni az elhagyott romokról. 1896-tól 1904-ig - Schulek Frigyes akkori ízlésnek megfelelő tervei szerint - Gyalus László részben átépítette az épületet. A tornyot és a homlokzatot az első emeletig lebontották, a középkori síkmennyezet helyett új bordás keresztboltozatot húztak, a mellékhajó boltozatát is átalakították. Ekkor kapta a templom neoromán berendezését, míg a barokk főoltárt áthelyezték a Szent Jakab-kápolnába. Bogyai Tamás kutatásai alapján fény derült a templom építésének menetére. Két rendellenesség hívta fel a figyelmet arra, hogy a  templomot nem egységes terv alapján emelték. Egyrészt a mellékhajók szélessége nem felel meg a lezáró apszisokénak, tengelyük sem esik egybe, másrészt az északi fal külső támaszai nem ott vannak, ahol ezt a boltozás megkívánná. Három építési periódust lehet felállítani az alaprajz, az ornamentális részletek és a műhelyek formajegyei alapján. Az eredeti terv öt szakaszos, négyszöghálós sík lefedésű bazilika lehetett, melynek a maitól eltérő hajószélessége volt. Az ornamentikára a normann pálcadísz és a lombard állatábrázolások voltak jellemzők. A nyugati homlokzatépítmény ekkor készült, de nem ott elhelyezett szobrait például az apszisnál láthatjuk. A második terv alapján a hosszházat négy szakaszra osztották, az apszist egy szakasszal hosszabbították. A bambergi dóm faragványaival hasonlóságot mutató szobrok és a nyugati kapuzat ekkor készült. A harmadik építési periódus a tatárjárás utánra tehető, ekkor műhelyváltozás is történt. Az északi mellékhajót durva szalagbordás boltozattal fedték, a másik két hajót síkmennyezetesnek hagyták. Más kutatók szerint akár öt építési fázist is el lehet különíteni.