Shankly visszavonulása után nevezték ki Joe Fagant Paisley segítõjének, aki csöndesen de hatásosan dolgozott a híres Bootroom tagjaként. Annak ellenére, hogy rengeteg tapasztalatot gyûjtött Shankly és Paisley alatt, nem volt kétség hogy nehéz döntést döntést hozott amikor elvállalta a vezetõedzõi posztot, mert a Liverpoolnál abban az idõben csak a trófeák elhódítása számított elfogadható eredménynek. A remekül játszó Souness távozott a Southampton csapatához, míg Sammy Lee csak árnyéka volt korábbi önmagához képest.

Tisztán látható volt, hogy átigazolásokra van szükség és Fagan nem okozott csalódást.
Kevin MacDonald és Jim Beglin érkezett a csapathoz, akik tiszteletreméltõ munkát végeztek a Liverpoolnál, továbbá egy ismeretlen dánt is szerzõdtetett Jan Molby személyében. Fagan tanuló évei alatt eltanulta az elõdjeiktõl, hogyan kell észrevenni a tehetséget és Molby szerzõdtetése kitûnõ példa volt erre, a dán kultúrált játéka gyorsan belopta magát a Kop szívébe.

A fejlõdés jelei már az elsõ évben tapasztalhatóak voltak. Senkinek sem sikerült olyan frenetikusan debütálni edzõként mint Joe Fagannek: A Liverpoollal megnyerte a Bajnokságot, a Ligakupát, a Bajnokcsapatok Európa Kupáját és döntõsek voltak a klubvilágbajnokságon is. A csapat pontosan, hatásosan., együtt mozogva, szemet gyönyörködtettõ futballt mutaott be Fagan évei alatt. Kevés kétség van afelõl ha a történelem nem szól közbe, Fagan irányításával a Liverpool sok-sok trófeát nyerhetett volna még az elkövetkezõ szezonokban.

Sajnos nem így történt és Fagan visszavonult a második eltöltött szezon végén a szörnyû Heyseli katasztrófa miatt. Miután bejutott a csapat az ötödik BEK döntõjébe és még a Juventus szurkolók is vörös gyõzelmet jósoltak minden oka megvolt Fagannak az optimizmusra. A katasztrófa azonban elrontott mindent és a Juventus szurkolók értelmetlen halála után visszavonult a labdarúgástól.

Shankly mondata miszerint a foci fontosabb mint az élet-halál sokáig viccesnek tûnt, azonban most ez nem így volt. Fagant mélyen megérintette az eset és azonnali visszabonulása élete végéig mély nyomokat hagyott benne. A klubnak nagy szolgálatot nyújtott és ezért minden elismerést megérdemel.

2001 júliusában halt meg hosszú betegség után 80 évesen.