A történet egyik filmhez sem kapcsolódik, és Gotham City legsötétebb helyére, az Arkham Asylumba kalauzol el minket. Egy rutinszerű rabszállítás során a dolgok rosszul sülnek el, Jokernek lehetősége nyílik megvalósítani gonosz tervét, Batman pedig egy seregnyi gonosztevővel találja szemben magát. A játék azzal kezdődik, hogy Joker megadja magát, és önkényes bevonul a börtönbe, hogy aztán ott átvehesse a hatalmat, mert valami értékes tárgy van az intézményben.
A játék az Unreal Engine 3-at használja. A készítőknek sikerült megszerezniük az utóbbi 70 év Batman képregényeire szóló jogokat, így számtalan híres főgonosszal (Pingvin, Rébusz, Mr. Jégcsap, Méregcsók, Harley Quinn, Killer Croc, Madárijeszto, Victor Zsasz) futunk majd össze, a történet megírásában a Bioshockot is jegyző Paul Dini segédkezett.