Bicskeivel felbontották a szerződését és ideiglenes kapitánynak Gellei Imrét bízták meg.
Bicskei Bertalan szakvezető nekivághatott a következő sorozatnak, ami a 2002-es világbajnokság selejtezője volt. Itt is csak a negyedik, azaz az utolsó előtti helyezésre futotta a csapattól. Felemás mérkőzéseken buktak el a pontok. A simán vert Litvánia a visszavágón, Budapesten döntetlent játszott. Románia kettős győzelmet szerzett, míg az olaszoktól egy pontot csent el a válogatott. Grúzia a magyar fővárosban kapitulált, viszont Tbilisziben három pontot szerzett, aminek a következménye az volt, hogy a pótselejtezőt érő második hely elérésére sincs esély.
Bicskeivel felbontották a szerződését és ideiglenes kapitánynak Gellei Imrét bízták meg.
2004. januárjában az egykori német világbajnok labdarúgó, Lothar Matthäus került a szövetség alkalmazásába A világklasszis játékosból lett edző megosztotta a magyar futballszeretőket. Az edzők és a média kritizálták lobbanékony stílusát, játékfelfogását és szakmai érettségét, mivel klubcsapatoknál edzősködött és nem ért el kimagasló eredményt. Ezzel szemben a közönség rendkívül megkedvelte és távozása után is sokáig marasztalták. Igazi optimista, győzni akaró ember lévén kijelentette, hogy kivezeti a magyar válogatottat a Németországban megrendezendő világbajnokságra. A világbajnoki selejtező csoportban a negyedik helyen végzett a csapat.
A német szakvezető távozása után Bozsik József fiát, Bozsik Pétert nevezték ki szövetségi kapitánynak, aki maga mellé hívta segédül az egykori klasszist Détári Lajost. A Svájc és Ausztria által megrendezett Európa-bajnokságra való kijutás volt a cél, de nagy előrelépést jelentett volna a csoport harmadik helye is
A kezdeti sikerek után a magyar válogatott újabb mélypontra került. Bozsik Péter a máltai kudarc után, 7 mérkőzéssel a háta mögött menesztették,Détárit pedig felfüggesztették. 2006 őszén az MLSZ a korábbi utánpótlás válogatottaknál dolgozó és sikereket elérő Várhidi Pétert, Várhidi Pál fiát bízták meg az ideiglenes szövetségi kapitány poszttal,később megerősítették pozíciójában.
Végül a selejtező csoportban az utolsó előtti, hatodik helyen végzett a válogatott. 2007-ben Várhidit beválasztották teljesítményével az év legjobb négy szakvezetője közé,viszont egy évvel és két mérkőzéssel később mégis szerződést bontottak vele.
2008. május 1-jétől Erwin Koemant jelölték ki szövetségi kapitánynak.16 mérkőzés után váltotta Várhidi Pétert. A holland szakember a 2010-es világbajnokság selejtezőjére készítette fel a csapatot. A kitűzött cél az első három hely valamelyikének megszerzése.
