Gazdasági szempontból a Királyi Magyarország és Erdély tekinthetô a legfejlettebbnek, a Török hódoltság területén egy visszaesés tapasztalható. A két fejlettebb területre jellemzô a vegyesgazdálkodás, azaz a fô ágazatnak, a mezôgazdaságnak több ágazata jelentôs. Amíg a XVI. századra még a paraszti árutermelés a jellemzô, a XVII. század közepére a földesúri vagy majorsági árutermelés terjed el. Ez az agrárkonjunktúrának köszönhetô, vagyis a mezôgazdasági termékek iránti nagy keresletnek, amit a paraszti árutermelés már nem tud kielégíteni. Magyarország gazdasága ugyanis mindig egyoldalú volt, a fô hangsúly a mezôgazdaságon van. Eme ágazat termékei Nyugat-Európában igen keresettek jó minôségük és olcsóságuk miatt, továbbá a megnövelt hadsereg eltartásából kifolyólag. Az agrárkonjunktúrának a megnövekedett szerepû gyarmati árutermelés vet majd véget. Ennek érdekében a földesurak növelik az allódiumot (közös- vagy bérbeadott földek rovására), vagy újakat hoznak létre (pl. irtásföldekbôl vagy paraszti telkekbôl), ezáltal nô a robot. Kezdetben a robot mennyisége nem éri el a heti egy napot (1514-es törvények), de késôbb törvénybe foglalják, hogy idénymunkák mint a szántás-vetés, az aratás és szénakaszálás alkalmával, valamint élelem és bor szállításakor a jobbágyok kötelesek robotolni. A megnövekedett robotot azonban nem lehet kikényszeríteni a jobbágytól, csak jogainak csökkentésével, ami a személyes függés növekedését és a költözködési jog csökkenését jelenti. Ezt a folyamatot nevezzük a második vagy örökös jobbágyság kialakulásának. Szintén ebben az idôszakban alakul ki a tokaji borvidék a szôlôtermelés iparággá válásának következtében, továbbá föllendül a kertészet. Ekkoriban jelenik meg sok, külföldön már elterjedt növény, mint: többféle alma, körte, cseresznye, meggy és szilva.
A mezôgazdaság szerepének növekedésével a Királyi Magyarország és Erdély ipara megmarad a céhes keretek között. Az agrárkonjunktúra miatt ugyanis most sokkal több iparcikket, posztót, stb. lehet behozni, mint korábban, és ez fedezi a hazai szükségletet. Az egyetlen számottevô magyar iparág a bányászat. Ekkor már nem olyan jelentôs a hagyományos nemesfém- és rézbányászat, de növekszik a vaskitermelés és feldolgozás szerepe. A Gömör-Szepesi Érchegységben a Felvidéken, valamint Erdélyben vannak bányászati és feldolgozó központok. Ennek ellenére fémbôl készült termékek - ugyanúgy, mint a posztó- túlnyomó része importból származik. A céhes ipar hosszú életére jellemzô, hogy a céhek Mária Terézia alatt második virágkorukat élik, és törvényben csak 1872-ben szüntetik meg ôket, az elsô manufaktúrákat pedig uralkodói támogatással hozzák létre betelepülôk Erdélyben Bethlen Gábor uralkodása alatt, a Királyi Magyarország területén pedig 1743-ban; ezekben azonban még jobbágyok dolgoznak.

Kereskedelmünk szorosan összefügg a két országrész gazdaságával, azaz mezôgazdasági termékeket exportálunk, mint: búza, szarvasmarha, bor, valamint sót és érceket; importunk pedig posztóra, ipar- és luxuscikkekre, továbbá fegyverekre korlátozódik.

A Török hódoltság gazdasági szerkezete eltér az ország más területein megszokottól, a törökök saját rendszerüket ötvözik a magyarral. A legjelentôsebb eltérést a birtokrendszer mutatja. Amíg a Királyi Magyarország egyes tartományai egy-egy báró ellenôrzése alatt állnak, Erdélyben mindvégig meghatározó a fejedelmi birtok; ezzel szemben a törökök által megszállt területeken minden föld a rajta élôkkel, a rájákkal együtt a szultáné, aki ennek egy részét (kb. 20%-át) megtartja szultáni birtokként, a többit pedig a szpáhiknak, a hûbéres lovas katonáknak adja használatra. Ez azt jelenti, hogy a birtokot nem lehet örökíteni, továbbá ezt a szultán bármikor visszaveheti. Ez rablógazdálkodáshoz vezet, mert a szpáhik sohasem tudhatják, hogy milyen kedve van a szultánnak, ezért igyekeznek minél többet kipréselni a rájákból. Ezeken a birtokon élô jobbágyok helyzetét sok helyen súlyosbítja, hogy nemcsak a törökök, hanem a magyar földesurak adószedôi is rendszeresen, fegyverrel behajtják az ôket megilletô adókat (kettôs adózás). Ezek a körülmények nem igazak a szultáni (khász) birtokokra, ezeken nincs sem rablógazdálkodás, sem kettôs adózás, emiatt az ittélôk helyzete valamivel jobb.

A magyarokat súlyosabb adók terhelik, mint az ugyanazon a területen élô törököket, mivel nem mohamedánok. Így többek között az elôbbiek fizetik a haradzs vagy dzsizje nevû adót, amit egyszerûen állami adónak vagy a császár adójának neveznek. Ennek összege 50 akcse, azaz 1forint. Mindenki fizeti a kapuadót, ami szintén egy forintot tesz ki. Ezenkívül létezik a földesúri adó a szpáhik birtokán élôk számára, valamint az egyházi terménytized a gabona, a must, a zöldségek, juh és hal után. Ez utóbbit a katolikusok kétszer fizetik a peremterületeken. A legsúlyosabb terhet azonban a rendkívüli adók róják a jobbágyokra, az ingyenes közmunkák és az állami robot: a hadsereg ellátására szolgáló termények és cikkek (széna, gabona, tûzifa) szállítása; hajóvontatás; várépítés; postaszolgálat teljesítése; a török hadak, futárok, követek kalauzolása; és végül a salétromfôzés.

A Török hódoltság gazdasága fejletlenebb és egyoldalúbb a Királyi Magyarország vagy Erdély gazdaságánál, ez azzal magyarázható, hogy a hódoltság gazdaságának elsôdleges célja az itt állomásozó katonaság eltartása. A törökök által megszállt területeken a munkaerô végig csökken, a magyar lakosság igyekszik békésebb vidékekre költözni a háborúk és a szpáhik rablásai miatt. Ezt a folyamatot nem tudja ellensúlyozni a Balkánról beáramló lakosság sem. Ez utóbbiak azért jönnek, mert a Török hódoltság nincs teljes függésben, szemben a délszláv államokkal és Havasalfölddel. A hódoltságban ugyanis meghagyják a szabad költözködési jogot, vagyis a jobbágyok adóik kifizetése után oda költöznek, ahova akarnak, nem kötelezik a lakosokat például hadviselésre. Ez maga után vonja azt, hogy aki nem tud máshova települni, az megpróbál egy mezôvárosba költözni, mert az szultáni birtok, ahol kisebbek a terhek. A részleges függetlenséget mutatja, hogy megmaradnak a "nemesi" vármegyék, de mivel a nemesség elmenekült, az irányítást gazdagabb parasztság vagy polgárság vagy az alsópapság végzi, ennek alapján ezen közigazgatási egységeket parasztvármegyékként emlegetik.

Az állandó háborúk miatt nem érdemes növénytermesztésbe fogni, mivel nem lehet tudni, hogy a vetést ki aratja le, megnô a rideg állattenyésztés, ezen belül is a rideg marhatartás jelentôsége. Ez utóbbi a többség fô foglalkozása, mert a marha jól értékesíthetô, és háború estén elhajtható. A gazdasági élet és a kereskedelem központjai a mezôvárosok, mert ezek khász-birtokon fekszenek. Legjelentôsebb mezôvárossá Debrecen növi ki magát, mert a három országrész a Hódoltság, Erdély és a Királyi Magyarország határán fekszik. A kézmipar területén fontos a használati cikkek, a posztó gyártása, de az itt gyártott mennyiség nem kielégítô, a maradékot máshonnan kell hozni. Szintén lényeges még az ötvösség és a fegyvergyártás.

A társadalomról általánosságban elmondható, hogy nagy változáson nem megy keresztül, az árutermelés kialakulása miatt azonban a vagyoni különbségek növekednek. Ezen belül is a legszembetûnôbb az arisztokrácia hármas rétegzôdése: az arisztokrácia a mindvégig meghatározó csoport, a középbirtokos nemesség a megyei közigazgatásban tevékenykedik, míg a kisbirtokos nemesek a várkatonák tisztjei, jószágkormányzók egy földbirtokosnál, vagy éppen a megyében hivatalnokok. A jobbágyságnak mintegy a fele kerül az említett módon az örökös jobbágyság állapotába, ami helyzetük romlását jelenti, a maradék azonban nem érez nagy változásokat. A gazdag parasztok ugyanis megengedhették maguknak, hogy zselléreket küldjenek maguk helyett robotolni, a zsellérek pedig nem törôdtek azzal, hogy a majorságon robotolnak, vagy pedig gazdag parasztok földjén napszámosként dolgoznak. Szintén jobb helyzetben vannak kezdetben az állattenyésztéssel és a borászattal foglalkozóak. A magyar társadalom különleges csoportját alkotja a vitézlô rend. Tagjai a végvárakban teljesítenek katonai szolgálatot és a legkülönbözôbb osztályokból kerülnek ki. Vannak közöttük arisztokraták, közép- és kisnemesek, parasztok, valamint idegen zsoldosok is. Természetesen azért nem enyészik el az osztályok közötti hierarchia, általában a tisztségeket a hierarchia alapján töltik be. A vitézlô rend különleges jogokat élvez, ezek az adómentesség, szabad paraszti kiváltsággal rendelkeznek, és fizetésüket zsoldban, posztóban és sóban kapják, ami azonban gyakran elmarad ("se pénz, se posztó").