Habár Neo története sokmindenben párhuzamos azzal, ahogy egy elbukott ember megmentésre talál Krisztusban és éretté válik a hitben, több hiányossága is van a példázatnak. Hogy helyes képet adjunk a kereszténységrõl, felsorolunk néhány hiányosságot.
- Krisztus elszemélytelenítése
Habár Morpheus vagy Trinity lehet idõnként Isten megszemélyesítése, amikor Neot egy elbukott és kereszténnyé váló ember példázata, de itt csak a piros kapszula jelképezi Krisztus vérét. Krisztus nem egy dolog, hanem élõ Személy. A megváltás a Krisztussal való összeölelkezés hit által, közvetlen kapcsolat Vele. "Valakik pedig befogadák õt, hatalmat ada azoknak, hogy Isten fiaivá legyenek, "(Jn 1:12). Mivel itt csak egy piros kapszula van egy személy helyett, a megváltás személytelennek és formalitásnak tûnhet. A bûnbõl való megváltást nem e mágikus piros kapszula, stb. - egy bizonyos bûnbánati aktus, egy rituálé, egy mágikus ima, stb. - amit a személynek kell megtennie. A megváltás inkább személyes hitkapcsolat az elbukott ember és az élõ Krisztus között, ahogy az ember bûbánóan egyedül Krisztusban bízik és csak Õ jelenti a bûnbõl és halálból való menekvést az igazságba és az életbe. A keresztény útja tehát állandó bizalom Istenben, nem valami élettelen elmélet- vagy dogmagyûjtemény. Ez egy szoros kapcsolat: Isten az Atya, a keresztény az õ gyermeke.
- Nincs igazi megfogalmazása a bûnnek
A 'megváltás' a filmben (a piros kapszula elvevése) nem jelent erkölcsi változást. Nincs átmenet a bûnbõl az igazságosságba vagy a rosszból a jóba, hanem csak az illúzióból a valóságba. Ha Neo erkölcstelenül élt a Mátrix világában, ugyanolyan kellett legyen a valós világban is. A tanítás a bûnbõl való igaz megtérésrõl és erkölcsi tisztulásról hiányzik, ezt legjobban Mouse mutatja meg, aki a piros ruhás nõvel striciskedik.
- Nincs igazi tanítás a megváltásról
Ha valaki egy balesetveszélyes helyzet felé halad kocsijával és te letéríted errõl az útról, ahol emberek halnának meg, akkor megmentetted sok ember életét . De nem teheted jóvá a rossz dolgokat, amiket tettek, vagy nem fizetheted ki az adósságaikat. A megváltás mindkettõ teljesítése; a rossz cselekedetekért való büntetés és az igazságos ítélet betöltése. Isten szentsége megkívánja a bûn halállal büntetését. Krisztus magára vette ezt a büntetést, igazságot szolgáltatva Felé ingyen ajándékként azoknak, akik hisznek benne. Krisztus nem csak egy utat kínál fel ebbõl a világból egy másikba - ez jóval több ennél. A legfõbb dolog amit tett, a váltság a mi vétkeinkért, hogy ezáltal megbocsátásban részesülhetünk a benne való hit és újjászületés által. Krisztus azért jött "hogy õ szolgáljon, és adja az õ életét váltságul sokakért. "(Mt 20:28)
- Nincs öröklét a tûzben
A mennybéli örök élet tantétele párhuzamba hozható Zionnal - ahol 'ünnepelni fogunk', ha a háború véget ér. De úgy tûnik, nincs párhuzama a pokolnak. A Mátrixban az ember meghal és vége a létezésének. Ezért volt logikus Cyphernek - vagy bárkinek - hogy visszatérjen a Mátrix idõleges örömeihez ahelyett, hogy 'a valóság sivatagával' nézzen szembe, és mivel ott nincs örök büntetés (tûznek tava) a választása miatt, sem a paradicsom az Igazság választásáért (Zion nem a Mátrix paradicsoma). Egy másik ellentét, hogy amikor egy keresztény az igazsághoz megy, a bukott világ lesz a sivatag és az igazság egy változatlan oázis, ami által a keresztény átmehet a sivatagon.
- Nincs Szent Szellem
Amikor egy személy megmentetik a Krisztusban való hit által, Isten szelleme szó szerint benne fog lakni a hívõben. A Szent Szellem betölti, megerõsíti, elítéli, irányítja, tanítja és vezeti a hívõt belülrõl. Vannak a filmben bizonyos alakok, mint Tank és az Orákulum, akik ezek közül néhányat birtokolnak, de nincs közvetlen párhuzam. A filmben Neo magában bízik, nem valami benne létezõ másik valaki erejében. Ebben az értelemben Neo humanista.
- Isten nem a 'gyengébb fél'
A filmben a gonosz (a gépek) uralják a világot, és a 'jó' (ember) egy reménytelen elnyomott. Igazából Isten mindenható, és teljesen gyõzedelmes. Isten egyszerûen adott Sátánnak egy kis idõt, mint ahogy az embernek is ad még egy kis idõt a szabad akaratából választott bûnre. A keresztények nem 'gyengébbek' vagy reménytelenek.