István a 12 apostolra gondolva 12 püspöki székhely felállítását tervezte. Ezek közül végül az ő idejében csak tíz valósult meg.
Az esztergomi és kalocsai egyházkerületek már kezdetben is érsekségek voltak. (Itt voltak az Árpádok udvarai.) A nyolc püspökség pedig: Veszprém, Győr, Pécs, Eger, Vác, Csanád, Bihar, Gyulafehérvár. A XI. század végén megalakult a tervezett két püspökség is: Nyitra, és Zágráb székhellyel.
Istvánt ebben a munkában Asztrik segítette.
A püspökségek szervezésével párhuzamosan folyt a kolostorok és apátságok alapítása is. Első volt a pannonhalmi, amelyet még Géza idején, 996-ban elkezdtek építeni.
Ezt is, akárcsak rövid idő múltán a pécsváradi és zalavári apátságokat, a bencések (Szent Benedek rendje) alapították.
Az alapítólevelet azonban már István adta ki 1002-ben.
A veszprémvölgyi apácák tevékenysége azonban a görögkeleti vallás jelenlétét is bizonyítja.
A szerzetesek kolostorai (férfiak) és az apácazárdák (nők) egyaránt a világtól. a világi élettől távol épültek fel. Erdők mélyén, meredek hegycsúcsokon, ahol kolostori elvonultságban élhették Isten szolgái életüket. Természetesen lakott területeken is alapítottak kolostorokat, s az sem volt törvényszerű, hogy teljesen elzárkóztak volna az emberektől. Sőt, az apátságok, kolostorok nagyon is fontos szerepet töltötte be a kintiek életében. (dia az egyházról)
Legalább ilyen fontos volt az egyház rendszerének működtetése, és a templomok építése, melyekről István törvényei gondoskodtak.
