A világranglista élén
2004-et az Ausztrál Open megnyerésével kezdte. A 16 közé játszmavesztés nélkül jutott, utána pedig megverte korábbi fő ellenfeleit, Lleyton Hewittot és David Nalbandiant. Bejutott a döntőbe, ahol esélyt sem hagyott Marat Szafinnak (7-6(3), 6-4, 6-2), így megnyerte második Grand Slam-címét is.
Az Ausztrál Openen aratott sikere után, 2004. február 2-án átvette a vezetést a világranglistán, és a világelsőséget azóta (több mint 180 hete) sem engedi ki a kezéből. A Roland Garros előtt további 3 címet nyert, köztük két Masters Series-tornát Indian Wellsben és Hamburgban. A Roland Garroson Gustavo Kuerten a 3. körben megverte, Wimbledonban azonban felejttette ezt a korai vereséget azzal,
hogy sikeresen megvédte címét (döntő: Andy Roddick ellen, 4-6, 7-5, 7-6(3), 6-4, ez volt karrierje 3. Grand Slam-győzelme). Közvetlenül ez után Gstaadban és Torontóban is nyerni tudott, ezzel 23 meccsre bővítette veretlenségi sorozatát.
Az athéni olimpián ő vitte Svájc zászlaját a megnyitó ünnepségen, de fő esélyesként váratlanul búcsúzott a 2. körben (Tomas Berdych verte). A váratlan vereséget azonban előnyére fordította az ezt követő hetekben. A US Openen csak Andre Agassi tudott neki nehézségeket okozni a negyeddöntőben, de sikeresen bejutott a döntőbe, ahol Lleyton Hewittnak 3 játszmában összesen 6 játékot engedélyezett, két szettet is 6:0-ra nyert (6-0, 7-6(3), 6-0). Ezzel a győzelemmel ő lett az első teniszező Mats Wilander (1988) óta, aki egy naptári évben a négy Grand Slam-tornából hármat meg tudott nyerni.
Év végén zsinórban másodszor nyerte meg a Mesterek Kupáját Houstonban (döntő: Lleyton Hewitt ellen: ebben az évben már hatodszor verte meg). 2004-ben nyert-veszített meccseinek aránya 74-6 volt, és összesen 11 tornán diadalmaskodott az év folyamán. 2004-ben nyújtott teljesítményéért több díjat is kapott (ITF Tennis World Champion, Laureus World Sportsman of the Year).
2005 elején kezdett el Tony Roche-sal 
dolgozni, aki időnként tanácsadó edzőként segítette felkészülni a versenyekre. Tony Roche korábban már Ivan Lendl és Patrick Rafter edzője is volt. Ebben az évben Federer az Ausztrál Openen az elődöntőig menetelt, ott viszont a későbbi győztes Marat Szafin egy négyórás meccsen megállította.
Később győzött az év első két Masters Series-versenyén, Indian Wellsben és Miamiban (ez utóbbi döntőjében 0:2-es szetthátrányból fordított Rafael Nadal ellen), majd az év során még két Masters-címet begyűjtött Hamburgban és Cincinnatiben. Korábban előtte senki nem tudott egy éven belül 4 Masters-tornán győzni.
Wimbledonban viszont ismét megvédte címét, miközben az egész torna során mindössze egy szettet vesztett el (a döntőt ismét Andy Roddick ellen játszotta: 6-2 7-6(2) 6-4). Szeptemberben a US Openen is meg tudta védeni a címét, emlékezetes döntőben Andre Agassi ellen (6-3 2-6 7-6(1) 6-1).
Az év második felében sérüléssel bajlódott, több versenyt is ki kellett hagynia, de az év végi sanghaji Mesterek Kupáján elindult, és sérülése dacára majdnem meg is nyerte, de végül ellenfele, 
David Nalbandian fordított. 2003 októbere óta Federer 24 döntőt nyert sorozatban, ennek, és addigi leghosszabb, 35 meccses veretlenségi sorozatának szakadt vége Sanghajban. Az év során összesen 11 tornát nyert meg, és az évi nyert-veszített meccseinek aránya 81-4 lett. Ha megnyerte volna a sanghaji döntőt, beállította volna John McEnroe 82-3-as rekordját (1984).
2006 volt eddigi legsikeresebb éve. Egész évben továbbra is toronymagasan, többezer pontos előnnyel vezette a világranglistát. Januárban visszahódította az Ausztrál Opent, a ciprusi Marcos Baghdatist verve a döntőben (5:7 7:5 6:0 6:2). Ez immár hetedik Grand Slam-győzelme volt, ráadásul idáig mind a 7 Grand Slam-döntőjét megnyerte, ami példátlan a tenisztörténelemben. A verseny emlékezetes díjátadóján gyermekkori példaképe, az ausztrál Rod Laver jelenlétében sírva fakadt. Márciusban megvédte Indian Wellsben és Miamiban is a címét, és a számára kevésbé otthonos salakos pályákon is egyre jobb teljesítményt nyújtott: Monte Carlóban és Rómában is bejutott a döntőbe, s csak a salakspecialista Rafael Nadal tudta megállítani (pedig Rómában Federer már meccslabdáig jutott).
| |