Több millió évvel ezelõtt az Égei - tengeri szigetek egy egységes összefüggõ szárazföldet alkottak. A szigetek mai elhelyezkedése a földkéreg folyamatos változásainak, ütközéseinek a kövtkezménye.
Szantorini szigete az afrikai és az eurázsiai kéreglemezek  határvonalán helyezkedik el. A két kéreglemez összeütközésének a következményeképpen az Égei-szárazföld a tenger szintje alá sűlyedt. A hatalmas erők hatására az elmerült szárazföld összetöredezett és a repedéseken keresztül a föld mélyéből feltörõ magma alakította ki a Kükládok vulkanikus szigeteit. Az Égei-tenger szigetvilága mind a mai napig változik, formálódik.A vulkanikus tevékenység álltalában ciklusokra oszlik. Egy egy kitörés után  a vulkán több ezer évig is pihenhet, majd miután a földkéreg mélyében a magmakamrában  a magma mennyisége elér egy bizonyos szintet akkor a vulkán ismét kitör. Szantorini szigetének mai alakja is több vulkánkitörésnek az eredményeként jött létre. 80 ezer éve Szantorini sziget egy egységes kúp alakú vulkán lehetett.A hegy aktivitásának  kezdetekor hatalmas fölrengések, robbanások, majd hamueső sorozata kezdődött el. A heves fölrengéseket követően erős lávaömlések, horzsakőkilövellések, majd kisebb szökőárak indulhattak el.  A lávafolyások és a horzsakő kilövellések után kiürült vulkáni kúp a kellő alátámasztás hiányában berogyott, az omlás következtében keletkezett vákuum hatására pedig magába rántotta a rengésekkor megrepedezett hegy belső majd külső részeit.

1.

2.

3.

Az így támadt réseken bejutó tengetvíz találkozva a lávával újabb robbanásokat indított el, amit újabb beomlások követtek. A hegy felrobbanása hasonló lehetett az 1883 augusztusában felrobbant indonéziai Krakatau vulkánhoz csak Szanrorinin ez nagyságrendekkel nagyobb volt. Míg Indonéyziában kb.17 köbkilóméternyi hegy semmisült meg Theran ez körübelül 35 köbkilóméterre tehető. A közeli Kréta szigetét több hétig  teljes sötétség borította el a hatalmas mennyiségü légkörbe került hamu hatására. Miután a vulkáni kúp teljessen összomlott, a kúp törmelékei kitöltötték  az egykori magmakamrát, és a tengervíz beáramlott a kalderába. A még napjainkban is aktív vulkán mélyéből jövő láva utánpótlás újraéleszti  a víz alatt szunnyadó vulkánt. Az időszámításunk előlti kitörés helyén 1570-ben lávafolyások alkották ki Mikra Kamenit, 1700 körül pedig hasonló körülmények között született Nea Kameni (új kő). Több ezer év alatt napjainkra egy új vulkáni kúp keletkezett a megmaradt kaldera közepén. Kitörések a századunk elején is előfordultak. Gyakran tört elő füst vagy kisebb mennyiségű láva a kamenik belsejébõl. A geológusok kb. tíz kitörési centrumot fedeztek fel, amelyeknek egy része a szigetek alatt, más része a tengerben helyezkedik el.