Liszt Weimarban mint udvari karmester dolgozott, évente három hónapi szolgálati idõvel. A fennmaradó idõvel tetszése szerint rendelkezett. Ezekben az években – Raabe adatai szerint – Liszt 1858-ig évi 1660 tallért kapott, 1000 illetve 330 talléros részletekben, ugyanakkor a nagyhercegnõ ellenszolgáltatás nélkül Liszt és Wittgenstein hercegnõ rendelkezésére bocsátotta az altenburgi kastélyt. Liszt tizenegy év alatt (1848-1858), mint karmester huszonkilenc operát mutatott be Weimarban és összesen negyvenhét operát vezényelt. Liszt leggyakrabban a következõ operákat vezényelte: Don Giovanni, Lohengrin, Tannhäuser, és Fidelio. 1851-ben Liszt átdolgozta az 1837-ben komponált tizenkét etûdjét és az 1838-ban komponált hat Paganini etûdöt és véglegesítette azokat a változatokat, amelyeket ma is játszanak. 1852-ben Liszt anyját egy baleset után (leesett a lépcsõn és eltört a lába) Altenburgba vitték, ahol több hónapot töltött felgyógyulásáig. Ugyanebben az évben Liszt elfogadott egy meghívást – Weimarba költözése után elõször vállalt városon kívüli fellépést – a 3. Ballenstedti Zenei Ünnepek alkalmából. Augusztus 15-én a weimari katolikus templomban bemutatta a férfikarra és orgonára komponált miséjét. 1852. õszén és 1853. januárjában megkomponálta a zongorára írt fõmûvét, a hatalmas h-moll szonátát. A szonáta 1854-ben jelent meg Robert Schumann-nak ajánlva. 1852. novemberében rendezte Liszt az elsõ Berlioz-hetet a zeneszerzõ jelenlétében. 1853-ban Liszt a Magyar Rapszódiák végleges változatain dolgozott. A rapszódiák az 1840-47. között feldolgozott huszonkét magyar dallamból keletkeztek. Ugyanebben az évben Hans von Bülow zongaravirtuóz, zongoraleckéket vett Liszttõl. Júniusban a pesti hegedûvirtuóz, Reményi Ede és húsz éves hamburgi zongorakísérõje, Johannes Brahms meglátogatták Lisztet Weimarban. Liszt mindkét fiatal mûvészt Altenburgban szállásolta el. Az egyik estélyen, amikor Lisztet arra kérték, hogy új harminc perces h-moll szonátáját adja elõ, Brahms az elõadás alatt elaludt.

Júliusban Liszt Zürichbe ment, hogy meglátogassa Wagnert. Szeptemberben Hans von Bülow társaságában Karlsruhéba utazott, hogy elõkészítse Dél-Németország elsõ zenei ünnepségét. A fesztivál után Bázelba utazott, ahol ismét Wagnerrel találkozott, majd együtt Strassburgba mentek, innen pedig Párizsba. Párizsban – az idõközben hozzájuk csatlakozott Carolyne és lányával együtt – meglátogatták Liszt gyermekeit, a tizennyolc éves Blandine-t, a tizenhat éves Cosimát és a tizennégy éves Danielt. Ekkor ismerkedett meg Wagner késõbbi feleségével, Cosimával. 1854. januárjában Carolyne hercegnõ hivatalos értesítést kapott, hogy a cár számûzte õt Oroszországból és a birtokait elkobozta. A számûzés oka az volt, hogy a hercegnõ nem volt hajlandó házassági viszonyának a rendezésére. Liszt az év elsõ felében kilenc operát és két színpadi kísérõzenét dirigált. Az elõadásokkal kapcsolatosan tizenegy tanulmányt írt ezekrõl a mûvekrõl, francia nyelven. Ugyanebben az évben Liszt vezetésével öt szimfonikus költeménynek volt õsbemutatója: Orpheus, Les Préludes, Mazeppa, Tasso és az Ünnepi hangok. Júliusban részt vett a rotterdami fesztiválon. Szeptemberben és októberben komponálta fõ szimfonikus mûvének, a Faust-szimfóniának elsõ változatát. Ugyanebben az évben, válaszul Vörösmarty neki írt versére megkomponálta a Hungária címû szimfonikus költeményt. 1855. januárjában Liszt megbízatást kapott a magyar hercegprímástól, Scitovszky János bíborostól, hogy az Esztergomban épült új bazilika felavatási ünnepségére komponáljon egy misét. A mû 1855. márciusában-áprilisában keletkezett és a bazilika felavatásakor (1865. augusztus 31-én) mutatták be. Ugyanebben az évben rendezte Liszt Weimarban a második Berlioz-hetet. Ekkor mutatta be Esz-dúr zongoraversenyét is. Augusztus 21-én Lisztet meglátogatta három gyermeke, ekkor döntött Liszt arról, hogy két lánya Bülow bárónénál (Hans von Bülow anyjánál) nevelkedjen Berlinben.


Liszt Ferenc 1858-ban (Franz Hanfstaengl fényképe)December hatodikán Liszt koncertet adott Berlinben, s bár a közönség jól fogadta, a berlini sajtó negatív kritikát jelentetett meg róla. Liszt nagyon csalódott volt. 1856. január 15-én Bécsbe utazott, hogy a Mozart-centenárium alkalmából két hangversenyt vezényeljen. Február második felében megszervezte a harmadik Berlioz-hetet, Berlioz jelenlétében. Augusztusban Esztergomba utazott, ahol meglátogatta az új bazilikát és kipróbálta az orgonát. Innen Pestre ment, ahol a Magyar Nemzeti Múzeum dísztermében augusztus 26-án és 27-én két nyilvános fõpróbát tartott. Októberben Carolynnal együtt Zürichbe utazott, hogy meglátogassák Wagnert. Itt ünnepelték meg Liszt negyvenötödik születésnapját. Svájcot november 27-én hagyták el és Münchenbe utaztak, ahol decemberig maradtak.

1857. január 7-én Liszt a weimari zenekar nyugdíjpénztára számára évente rendezett jótékonysági hangversenyt dirigálta a weimari udvari színházban. Ezen a hangversenyen került sor a Hegyi szimfónia végleges változatának a 2. (A-dúr) zongoraverseny õsbemutatójára. Februárban a Gewandhaus-zenekar nyugdíjas alapja számára rendezett jótékonysági hangversenyen lépett fel. Március hatodikán Bécsben egy hangverseny keretében bemutatták a Les Préludes-öt és Liszt elsõ zongoraversenyét, az Esz-dúr zongoraversenyt. Egy kritikus kivételével a bécsi zenekritikusok elutasították Liszt mûveit. Március végén és április elején Liszt lebetegedett, lábán hólyagok és kelések keletkeztek. Alig tudott állni és járni. Május végén, az Alsó-rajnai fesztiválon vezényelt. Szeptemberben õ szervezte meg Károly Ágost nagyherceg születésének századik évfordulójára rendezett ünnepségsorozat keretében megrendezett zenei programot. Szeptember 5-én az udvari színházban történelmi jelentõségû koncertre került sor, mely Liszt legfontosabb weimari hangversenyi közé tartozik. A következõ mûveket dirigálta a sajátjai közül:

Az ideálok – szimfonikus költemény Schiller után.
Faust-szimfónia – õsbemutató.
a. Faust; b.Gretchen; c. Mephisopheles; d. zárókórus.
Weimari népdal – férfikarra és kürtre.

Novemberben a Prometheus és Dante-szimfóniájának õsbemutatóját vezényelte a drezdai udvari színházban. Novemberben Boroszlóban bemutatta Hériode funebre címû szimfonikus költeményt. December 29-én a Hunok-csatája címû mûvét mutatta be az udvari színházban. 1858. január 27-én egy Mozart-hangversenyt dirigált az udvari színházban, március elején pedig Prágába ment vezényelni. Prága|Prágából Bécsbe utazott, ahol a Vigadó nagytermében két alkalommal mutatta be az Esztergomi misét. Április 1-jén Pestre utazott, ahol kétszer is elvezényelte az Esztergomi misét. Április 11-én, vasárnap délelõtt egy ferences kolostorba látogatott azzal a szándékkal, hogy belépjen a harmadrendbe. A ferencesek templomában az apát a mise után ebédre hívta, majd az ebéd után a templomban lezajlott az ünnepélyes felvétel. Ezt követõen Liszt visszautazott Bécsbe, majd Konstantin von Hohenzollern-Hechingen meghívására Sziléziába utazott, Löwenbergbe. Május másodikán pedig visszatért Weimarba. Július 25-én egy nyilvános zenekari próba keretében az udvari színházban bemutatta Hamlet címû szimfonikus költeményét. Augusztustól Carolynnal és annak lányával egy hosszabb nyaralásra indultak a tiroli Alpokba, Münchenbe és végül Salzburgba. Október 20-án tértek vissza Weimarba.

1858. december 15-én Liszt Peter Cornelius A bagdadi borbély címû operájának az õsbemutatóját vezényelte. Ez a bemutató egy botrányhoz vezetett – a közönség kifütyülte Lisztet – amely után Liszt lemondott a karmesteri állásáról, és élete hátralevõ részét kizárólag a zeneszerzésnek szerette volna szentelni.