Mulder és Scully Robert Budahas alezredes, katonai berepülő pilóta, különös eltűnésének ügyében kezd nyomozást. Mulder feltételezi, hogy Budahas ugyanúgy járt, ahogy az hat másik pilóta, akiknek az Ellens légitámaszponton veszett nyoma, miközben egy kísérleti repülőgépen végeztek próbarepüléseket.

Muldert egy titokzatos férfi, a magát Deep Throat-nak ( Mély Torok ) nevező személy keresi fel és azt tanácsolja az ügynöknek, hogy felejtse el ezt az esetet. De Mulder és Scully nem hallgat a figyelmeztetésre és felkeresik Budahas feleségét, aki elmeséli férje utóbbi időben megváltozott magatartását, különös bőrkiütéseit és szokatlanul heves elzárkózását a munkájáról való beszélgetéstől.

Az ügynökök úgy gondolják, hogy az eltűnt pilóták kapcsolatba kerültek az Auróra-tervezettel, a Pentagon legújabb típusú kémrepülőgépének kipróbálásával. Paul Mossinger riporter és egy helybéli UFO hívő, Ladonna, buzdítására, Mulder és Scully behatolnak a támaszpont tiltott zónájába. Szemtanúi lesznek két UFO felszállásának és hihetetlen manővereket bemutató légiparádéjának.

Hirtelen két fiatalra ( Emil és Zoe ) lesznek figyelmesek, akik szintén bemásztak a lezárt területre. El akarják kapni őket, ám váratlanul egy helikopter bukkan fel. Négyesben menekülnek a legközelebbi étterembe, ahol a fiatalok elmondják, rendszeresen bejárnak a bázisra, hogy a fényes repülőket figyeljék. Mulder véleménye szerint az új kémrepülőgép földönkívüli technológiák felhasználásával készült. Scully persze ezt nem hiszi el.

A két ügynököt a hotelszobájukban hívja Budahas asszony, miszerint férje előkerült. Az alezredes azonban nem emlékszik semmire az elmúlt időszakról. Mulder feltételezi, hogy Budahas emlékezetét törölték. Szerinte ő és a hat másik pilóta, egyszerűen nem tudták lelkileg feldolgozni az idegen technológiával készült repülőgéppel történt repülések tapasztalatait és idegösszeroppanást kaptak.

Muldert és Scullyt ismeretlen kormányügynökök keresik fel, lefoglalják a feljegyzéseiket és kiutasítják őket a városból. Mulder azonban a két fiatal segítségével visszatér a bázisra. Egyedül bemerészkedik a kifutópályára, ahol közvetlen közelről lát egy UFO-t. Hamarosan elfogják és bekísérik a támaszpontra, ahol orvosoknak látszó emberek veszik kezelésbe.

Eközben Mossinger rátámad Scullyra és felfedi, hogy ő valójában titkosügynök, aki a hadseregnek dolgozik. A nő azonban felülkerekedik az álriporteren és fegyverrel kényszeríti a bázisra. A hadsereg kicseréli Mossingert Mulderre, aki semmire sem emlékszik az UFO-val történt találkozásából, mert az orvosok kiradírozták az emlékezetét.

Washingtonban Mulder ismét találkozik Deep Throat-al, aki figyelmezteti őt és a társát, hogy kényes területre tévedtek és mostantól veszélyben az életük, hiszen tudják az igazságot a földönkívüliek létezéséről.

Deep Throat #1X01

Eredeti bemutató: 1993. szeptember 17.

Írta: Chris Carter

Rendezte: Daniel Sackheim

Fox Mulder - David Duchovny

Dana Scully - Gillian Anderson

Deep Throat - Jerry Hardin

Paul Mossinger - Michael Bryan French

Robert Budahas alezredes - Andrew Johnston

Anita Budahas - Gabrielle Rose

Emil - Seth Green

Zoe - Lalainia Lindejerg

Ladonna - Monica Parker